跨地区预缴税款所需要准备的材料有：1.营业执照复印件；2.纳税人识别号复印件；3.税务机关颁发的预缴税额确认函；4.税收登记证；5.上一年度审计报告。跨地区预缴税款的申请程序如下：1.首先，企业应当登录税务机关网站，查询本地区的预缴税额标准。2.然后，在与本地税务机关签订的“税收征收管理协议”中，提交填写好的申请表格，包括所需的营业执照复印件、纳税人识别号复印件、上一年度审计报告等。3.本地税务机关审核通过后，将发放跨地区预缴税款确认函，用以证明该企业应当预缴的税额。4.最后，企业按照申请表格中确认的税额，向本地税务机关缴纳跨地区预缴税款。

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